Александр Попов родился в рабочем поселке на Северном Урале в семье священника и деревенской учительницы. У него было брат и 5 сестёр. Говорят, что его крёстным отцом был сам Иоанн Кронштадтский. Окончил Пермскую семинарию и физмат Санкт-Петербургского университета.